موسسه تنظیم و نشر آثار امام(ره) تاکنون در موارد بسیاری از جمله فتنه 88، از سوی منتقدان به عملکرد جانبدارانه به نفع یک جریان سیاسی خاص به دلیل ارتباطات خانوادگی و همچنین عدم تلاش جدی برای حفظ خط و مشی اصیل امام(ره) متهم شده است.
این موسسه در جریان فتنه 88 و در موضوع به آتش کشیده شدن عکس امام خمینی(ره) در تجمع فتنه‌گران، هیچ واکنشی علیه این اقدام از خود بروز نداد.
همچنین در جریان خاطره‌گویی‌های هاشمی رفسنجانی از امام خمینی(ره) درباره مسائل مختلفی از جمله رابطه با آمریکا نیز این موسسه واکنش مشخص و شفافی نشان نداده است.
خبرگزاری تسنیم برای پیگیری موضوع تحریف نامه حاج سید احمد خمینی به آیت‌الله پسندیده و حذف بخش‌هایی از این نامه، با موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) تماس گرفت، که یکی از مسئولان این موسسه که تاکید داشت از ذکر نام وی در این خبر خودداری شود، خاطرنشان کرد: بعضی از بخش‌های نامه به دلایل مسائل امنیتی و مصلحت کشور با صلاح‌دید مسؤلین فعلی مؤسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی (ره) حذف می‌شود و به جای آن «سه نقطه» می‌گذارند. این مورد نیز به دلیل اینکه مربوط به نهضت آزادی است، شاید اینگونه باشد. البته به دلیل همین مباحث هنوز نامه‌هایی را از امام (ره) داریم که منتشر نشده است!
* ماجرای نامه حاج احمد خمینی به آیت‌الله پسندیده چه بود؟
ماجرای نامه حاج احمد خمینی به آیت‌الله پسندیده از این قرار است که، سید علی‌اکبر محتشمی‌پور وزیر وقت کشور در 30 بهمن 1366 نامه‌ای را به امام خمینی (ره) نوشت و در این نامه برای نحوه برخورد با نهضت آزادی از امام (ره) کسب تکلیف کرد. محتشمی‌پور وضعیت کشور را در آستانه انتخابات دور سوم مجلس شورای اسلامی حساس می‌دانست و معتقد بود «نهضت آزادی‌ها که اکنون تریبونی در دست‌شان نیست و در مجلس نیستند، اینگونه با آرمان مردم می‌ستیزند، اگر به مجلس راه یابند، چه خواهند کرد.»
امام خمینی نیز در پاسخ به نامه وزیر وقت کشور به صراحت می‌گوید: «نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند». پس از انتشار این نامه، نهضت آزادی مدعی شد که نامه امام خمینی جعلی است و دست‌خط امام نیست. اعضای نهضت آزادی تلویحاً حاج احمد خمینی را متهم کردند و از یادگار امام (ره) در قوه قضائیه شکایت کردند.
یادگار امام نیز تصمیم به پیگیری این موضوع در دستگاه قضایی گرفت و با ارئه اصل نامه به دستگاه قضایی، به طور جدی شکایت خود را پیگیری کرد تا اینکه کارشناسان دادگستری پس از بررسی دست‌خط، نظر کارشناسی خود را اعلام کردند و مشخص شد این نامه توسط شخص حضرت امام (ره) نوشته شده است.
*** نامه یادگار امام (ره) به آیت‌الله پسندیده
بار دیگر در سال 69 آیت‌الله پسندیده برای درخواست آزادی یکی از اعضای ملیگراها خطاب به حاج سیداحمد خمینی نامه‌ای نوشت و یادگار امام نامه‌ای را با موضوع «نهضت آزادی و ملیگراها» خطاب به آیت‌الله پسندیده نوشت و در این نامه حاج احمد خمینی علاوه بر اینکه بر صحت نامه مذکور تأکید می‌کند، بار دیگر نظر امام خمینی (ره) را در رابطه با نهضت آزادی مطرح می‌کند.
اما این نامه یادگار امام خمینی (ره) در صفحه 632 جلد اول «مجموعه آثار یادگار امام (ره)" که توسط موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) منتشر شده، درج شده است که در بعضی از قسمت‌های نامه «سه نقطه»هایی مشاهده می‌شود. اولین چاپ این کتاب اسفندماه سال 74، یعنی یک سال بعد از درگذشت مرحوم سیداحمدخمینی منتشر شده است.
البته با توجه به اسناد نهضت آزادی اولین بار نامه یادگار امام (ره) به آیت‌الله پسندیده در نشریه هنگام منتشر شده است، زیرا در یکی از اطلاعیه‌های نهضت آزادی در تاریخ 7 بهمن‌ماه سال 78 با عنوان " پاسخ به اظهارات آقای محتشمی‌پور در خصوص نامه منسوب به رهبر فقید انقلاب اسلامی"، آمده است: «در اسفند سال 74 نشریه هنگام با مسؤلیت آقای ری‌شهری نامه‌ای از حاج احمدآقا به آیت‌الله پسندیده، برادر رهبر فقید انقلاب منتشر ساخته است.»
با این حال، در اولین چاپ کتاب مجموعه آثار یادگار امام (ره) مشاهده می‌شود قسمت‌هایی از نامه حاج سیداحمد خمینی به آیت‌الله پسندیده «سه نقطه» گذاشته شده است و این رویه در جدیدترین چاپ‌های انتشار کتاب «مجموعه آثار یادگار امام (ره)» همچنان ادامه دارد.
*** متن اصلی نامه یادگار امام خمینی (ره) به آیت‌الله پسندیده
نامه مرحوم حاج سیداحمد خمینی خطاب به آیت‌الله پسندیده در شماره 27 ماهنامه بصائر، زیر نظر سازمان تبلیغات اسلامی، منتشر شده است ولی در همان دوران نیز مؤسسه حفظ و نشر امام خمینی (ره) واکنشی نسبت به انتشار کامل این نامه نداشتند. بخش‌هایی از این نامه که توسط مؤسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی (ره) حذف شده است، به شرح زیر است:
«سه نقطه» اول: «و امیدوارم فرد مذکور آزاد گردد تا به وظیفه‌ای که بر گردنم نهادید».
«سه نقطه» دوم: «از شما تقاضا دارم برای دفاع از امام و آرمان‌های پاک او و برای خاطر دفاع او از اسلام عزیز و به‌خاطر تحمل رنج و زحمت و مرارت‌های بسیاری که از آخوندهای درباری و متحجرین و مقدس‌نما‌ها و ملیگراها و چپ‌ها و منافقین کشید، حضرت‌عالی طی نامه‌ای آنان را محکوم کرده و صحت خط امام و پیشوای ملی و دینی‌مان را اعلام فرمایید و روح بزرگ امام را از خودتان شاد کنید و مطمئن باشید که با این کار اجر بزرگی را خواهید داشت و نامه را من منتشر نمی‌کنم ولی برای ثبت در تاریخ نگه می‌دارم».
«سه نقطه» سوم: «که بعد از ارتحال ملکوتی برادر عزیزتان امام بزرگ فرمودید: آنها که می‌گفتند امام محبوب نیست تشییع جنازه امام را دیدند و فهمیدند اشتباه می‌کنند».
«سه نقطه» چهارم: «مقصودم از دین، دین امام است نه دین مخالفان امام که یزید و معاویه هم داشتند اما دینِ مقابل دینِ امام حسین علیه السلام.تقاضایم این است که شما در مقابل آنان بایستید و از آرمان‌های امام دفاع کنید و از تمامی مصدقی‌ها که امام آنان را مسلمان نمی‌دانست، تبری جویید و دل امام را شاد فرمایید».
«سه نقطه» پنجم: «بار دیگر از شما تقاضامندم که اگر این نامه یعنی نامه امام به آقای محتشمی خط امام است که هست، مرقوم فرمایید و کسانی که به دروغ چنین نسبتی را به من داده‌اند، خائن بدانید».
خبرگزاری تسنیم سعی داشت در این رابطه با حمید انصاری، قائم مقام مؤسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی (ره) نیز گفت‌وگو کند ولی موفق به برقراری ارتباط با وی نشدیم. بر این اساس، خبرگزاری تسنیمآمادگی دارد هر گونه توضیح مؤسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی (ره) را منتشر کند و خبرنگار تسنیم بتواند گفت‌وگویی با قائم مقام مؤسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی (ره) داشته باشد.