به گزارش شبکه خبری هزاره سوم محمدعلی نجفی از مشاوران نزدیک خاتمی و از اعضای کارگزاران است که به عنوان وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش معرفی شد اما نتوانست رای اعتماد نمایندگان را کسب کند. وی پس از آن از سوی روحانی برای تصدی ریاست سازمان میراث فرهنگی و گردشگری انتخاب شد اما چند ماه بعد استعفا داد.
نجفی در مصاحبه با روزنامه اعتماد گفته است: از روز بعد از رد صلاحیت آقای هاشمی بود که بحث کاندیدای سوم مطرح شد و در حقیقت تا روزی که اطلاعیه شورای مشاوران اصلاح‌طلبان صادر و از آقای روحانی به شکل رسمی حمایت شد و هم آقای خاتمی و هم آقای هاشمی حمایت خودشان را اعلام کردند، ما به این نتیجه نرسیده بودیم که آقای روحانی کاندیدای اصلاح‌طلبان شود.
وی درباره ترکیب کابینه می‌گوید: به نظرم در حقیقت بخش مهمی از کابینه را کسانی تشکیل می‌دهند که دیدگاه‌های اصلاح‌طلبانه چه در مسائل سیاسی و چه در مسائل اقتصادی دارند.
نجفی در بخش دیگری از این مصاحبه می‌گوید: اعتقادم این بود و به خود آقای روحانی هم گفتم که شما زیاد از ژنرال‌ها در کابینه‌تان استفاده نکنید، آنها را به پشت پرده کابینه ببرید تا به عنوان مشاور به شما و وزرای‌تان کمک کنند، به این ترتیب می‌شود تصمیم‌گیری‌های بهتری داشت. به ایشان گفتم که از نیروهای جوان‌تر و آماده‌تر برای امور اجرایی استفاده کنید و از نیروهایی بهره ببرید که آگاهی نسبت به مسائل کشور دارند اما الزاما تئوری‌پرداز نیستند چون وزیر لازم نیست تئوری‌پرداز باشد. من باور داشتم که برگرداندن یک نفر به یک وزارتخانه‌ای که سال‌ها پیش در آن وزیر بوده، صلاح نیست اما ایشان در مورد خود من همین کار را کردند و درباره آقایان زنگنه و نعمت‌زاده نیز.
وی درباره روز جلسه رای اعتماد و اینکه «در آن روزی که می‌خواستید به مجلس بروید، روحانی به شما توصیه‌ای [درباره فتنه ۸۸] نکرد؟» می‌گوید آقای روحانی نه اما خیلی از دوستان به من توصیه می‌کردند که شما خیلی تند صحبت نکنید و یک جمله برائتی، چیزی بگویید و از این سد عبور کنید.
نجفی در پاسخ این سوال که خود را اصلاح‌طلب می‌دانید یا اعتدالگرا گفت: من اصلاح‌طلب هستم.