به گزارش شبکه خبری هزاره سوم به نقل از وطن امروز، عطاء‌الله مهاجرانی از جمله کسانی بود که به این موضوع واکنش داد. حسین مظفر در آن ناگفته‌ها از توصیه صریح و جدی رهبر انقلاب به مهاجرانی در روز دوم آغاز به کار دولت اصلاحات خبر داده بود و این ناگفته‌ها آنقدر صریح بود که مهاجرانی نسبت به این موضوع واکنش نشان داد و ناگفته‌های مظفر درباره خود را تکذیب کرد.
حسین مظفر اما در واکنش به ادعاهای مهاجرانی اظهارات صریحی مطرح کرد. مظفر تکذیبیه مهاجرانی درباره اظهارات خود را سخیف و انفعالی عنوان کرد و با اشاره به اینکه گفت‌و‌گوی اخیرش بر گرفته از کتاب شاهدان عینی است که مربوط به خاطرات دوران و حوادث تلخ 18 تیرماه 78 بوده است، اظهار داشت: آنچه در میان خاطرات آن دوران در سال‌های پیش بیان شده نه‌تنها ذره‌ای غیرواقعی نیست بلکه حداقل‌هایی است که در صورت انعکاس نوار جلسه مذکور بر فضاحت مساله افزوده می‌شود. بویژه اینکه پاسخ نامبرده نافی هشدارها و نگرانی‌های رهبری معظم از عملکرد ایشان نیست.
مظفر با تاکید بر اینکه این اظهارات سخیف هرگز نمی‌تواند خیانت و پشت پا زدن نامبرده را به ملت و کشور و پناه‌بردن به دامان بیگانگان و بدخواهان ملت مظلوم ایران توجیه کند، افزود: سوء‌عاقبت و عاقبت‌به‌شری فراریان از ملت و انقلاب و نادمان از ارزش‌های امام و پناه بردگان به دامان دشمنان ملت و ننگ ابدی ناشی از این اقدام نکبت‌بار هرگز با این تکذیبیه‌ها و برخی اظهارات به ظاهر عوام‌فریبانه توجیه‌شدنی نیست.
وزیر دولت اصلاحات تصریح کرد: همکاری ذلیلانه نامبرده با سران مرتجع عرب و دست‌بوسی سلاطین جور و مستبد و همدردی با صهیونیست‌های نژادپرست و همگرایی با دشمنان در نشست‌های خبری صهیونیستی در خارج از کشور و به تاراج دادن حیثیت و آبروی ملت و کشور در منظر دشمنان ملت و ارائه تحلیل‌های غلط و بغض‌آلود علیه کشور و ملت مظلوم ایران، گوشه‌ای از پلشتی و حقارت‌های ذلیلانه اینگونه افراد است که هرگز با کوثر و زمزم هم پاک شدنی نیست.
مظفر با بیان اینکه او در حالی از سواد خود و بی‌سوادی دیگران سخن می‌گوید که اولا مدرک کلاسیک و کاغذپاره دکترای این بیچاره را دیگرانی چون بنده نیز دارند، به فارس گفت: مگر کم بودند عالمان و باسوادان متهتک و پرده‌دری که کمر اسلام را شکستند و ابزار جنایت، فساد و سلطه بیگانگان شدند و جز خیانت و ذلت برای ملت و کشور خود ثمری نداشتند؟ عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام ادامه داد: همین عالمان متهتک و مدعیان مغرور که به مصداق کمثل‌الحمار یحمل اسفارا جز «چارپایی بر او کتابی چند» بهره‌ای از درک و فهم خود برای بهره‌گیری از سواد و علم خویش در یک عزت و سعادت و کمال خود و جامعه خود نداشته‌اند.
وی در پایان تاکید کرد: بنده مشتاقانه از انعکاس نوار جلسه مذکور استقبال می‌کنم تا «سیه‌روی شود هر که در او غش باشد». این ماجرا زمانی آغاز شد که حسین مظفر در یک برنامه تلویزیونی به خاطره‌ای از نگرانی رهبر انقلاب نسبت به مقوله فرهنگ در دوره دوم خرداد اشاره کرد و گفت: «اول شهریور کار دولت آقای خاتمی شروع شد. روز دوم کار دولت حضرت آقا ملاقات دادند و خدمت ایشان رفتیم. در آنجا ایشان یکسری رهنمودهای عمومی را دادند. نمی‌دانم حضرت آقا راضی هستند که این جلسه را بگویم یا نه. شما هم با احتیاط مطرح کنید. به نظرم جمله بدی نیست و پیش‌بینی‌های خیلی خوب حضرت آقا را می‌رساند.
ایشان فرمودند: دوربین‌ها را خاموش کنید و خبرنگارها نباشند، چون با شما حرف خصوصی دارم. همه منتظر ماندیم که حضرت آقا چه می‌خواهند بفرمایند. یک مرتبه فرمودند: من می‌خواهم با آقای مهاجرانی صحبت کنم و فرمودند: آقای مهاجرانی! من شما را خوب می‌شناسم دیدگاه‌هایتان را هم می‌شناسم و به آنها نقد هم دارم. نمی‌خواستم مقابل آقای خاتمی ایستادگی کنم و نگذارم شما را وزیر کند اما با توجه به شناختی که از شما و دیدگاه‌هایتان دارم نمی‌خواهم در کارهایتان کاری کنید که ضدانقلاب خوشحال شود. یک مرتبه همه حیرت کردند، چون آقای مهاجرانی به عنوان یک نیروی فرهنگی مطرح بود و ماهیتش آشکار نشده بود که اینقدر به فضاحت بیفتد که از ملک عبدالله پول بگیرد. انسان واقعا چقدر افت می‌کند و به حضیض ذلت می‌افتد.