سیدهادی خامنه‌ای دبیرکل مجمع نیروهای خط امام، از انجمن‌های اسلامی دانشجویان خواست شعبه احزاب در دانشگاه نباشند و موازین اسلامی را مراعات کنند. وی همچنین تصریح کرد حمایت از لبنان و فلسطین و غزه و سوریه  برای ما حیاتی است.
مواضع این روحانی اصلاح‌طلب از آن جهت حائز اهمیت است که افراطیون حزب مشارکت و سازمان مجاهدین (انقلاب) پس از پیوند با گروهک‌هایی نظیر نهضت‌آزادی، از یک سو برخی انجمن‌های اسلامی دانشجویان و دفتر تحکیم را تبدیل به ادامه قدرت خود کردند و از سوی دیگر به ترویج سکولاریسم در دانشگاه پرداختند. شعار نه غزه نه لبنان نیز شعار فتنه‌گران در فتنه و آشوب 88 بود.
سیدهادی خامنه‌ای در دیدار با گروهی موسوم به «شوراهای احیای انجمن اسلامی دانشجویان» اظهار داشت: متأسفانه برخی حرکت‌ها آسیب‌هایی ایجاد کرد. به برخی از اصول و شئونات اسلامی بی‌توجهی شد؛ حتی جایی به صراحت گفته شد « برای فعالیت در انجمن اسلامی، نیاز نیست حتما مسلمان باشیم».
وی همچنین درباره سیاسی بودن دانشجویان می‌گوید: فعالیت دانشجویی نمی‌تواند سیاسی نباشد، اما مهم‌ترین نکته این است که شعبه احزاب خارج از دانشگاه نباشد. حضور افراد حزبی نشان‌دار از تشکل‌های خاص، می‌تواند مشکل‌ساز باشد. البته  من به شخصه مخالف این کار نیستم اما این اتفاق، تیغ دو دمه است. اگر نمایندگان اصلاحات در دانشگاه حضور داشته باشند، بهانه به دست احزاب دیگر می‌دهد تا آنها هم حضور پیدا کنند. تفکر سیاسی و تشکیلاتی را در خود پرورش دهید. موازین اسلامی را رعایت کنید، چرا حجاب دوستان باید به گونه‌ای باشد که بتوان از آن ایراد گرفت؟
وی درباره سیاست خارجی نیز گفت: من معتقدم وظیفه هر دولتی در ایران این است که به لبنان و فلسطین، غزه و سوریه کمک کند. حمایت از آنها برای ما حیاتی است. اگر به همبستگی اسلامی و انسانی هم، کسی معتقد نباشد ولی برای حفظ امنیت خود باید از آنان حمایت کنیم. در دوره رژیم پهلوی، یهودی‌ها در ایران بسیار فعال بودند، در سیاست و اقتصاد و حتی در بخش آموزش ما حضور داشتند، تعدادی از نخست‌وزیران ما بهایی بودند و بسیاری از حوزه‌های اقتصادی، مثل دارو، لاستیک، قماش، کشاورزی مدرن، صنعت و... حضور داشتند. بحث فلسطین برای نظام ما یک مسئله  اساسی است. از همان آغاز فعالیت انقلاب در سال 41، امام درباره اسرائیل صحبت کرد. باید عمیق بود و نباید بی‌مطالعه و احساساتی تحت تاثیر قرار گرفت. امروزه یکی از خط قرمزهای توده مردم ما، بحث اسرائیل است.