به گزارش شبکه خبری هزاره سوم روزنامه جمهوری اسلامی در تحلیل خود نوشت: اگر در جامعه اسلامی ما حتی مراجع نیز نتوانند نظر شرعی خود را درباره مدیریت‌ها بگویند و بلافاصله بعد از اظهارنظر با تعرض‌های تبلیغاتی مواجه شوند، سایرین چگونه برای آزادی بیان و نظر احساس امنیت کنند؟ همه می‌دانیم که در تشخیص فقهای ما تفاوت‌هائی وجود دارد. این تشخیص‌ها چه در قالب فتوا و چه در قالب رهنمود و یا ابراز نگرانی می‌توانند ابراز شوند. مسئولین ارشد نظام نیز با در نظر گرفتن همین اختلاف تشخیص‌ها و مصالحی که برحسب مسئولیت‌های خود در نظر دارند و اقتضائاتی که وجود دارد، به تصمیم می‌رسند و به آن عمل می‌کنند. بدین ترتیب، جائی برای تعرض‌های تبلیغاتی و یا نگرانی افراد دیگر حتی اگر از روی دلسوزی باشد وجود ندارد.

جمهوری اسلامی همچنین با اشاره به اظهارات اخیر یونسی نوشت: ورود به مسائل غیرضروری از قبیل موضوع پرچم و اینکه آیا شیر و خورشید خوب است یا بد نیز از جمله اقدامات حاشیه‌ای است که نه تنها مفید نیست بلکه عوارض منفی زیادی نیز دارد.

این روزنامه حامی دولت در عین حال انتقادهای منتقدان مواضع فرهنگی و سیاسی دولت را متهم بر بداخلاقی کرده اما مصداقی برای این موضوع معرفی نکرده است. روزنامه جمهوری اسلامی ابراز نگرانی نسبت به مذاکرات هسته‌ای را با این توجیه که تحت نظارت رهبر معظم انقلاب قرار دارد، نکوهش کرده است؛ حال آن که ایشان قبل از همه ضمن حمایت از تیم مذاکره کننده از یک سو نسبت به بدعهدی و خودبرتربینی طرف غربی و از سوی دیگر نسبت به رسانه‌های مواجب‌بگیری که چهره دشمن را بزک می‌کنند هشدار داده و درعین حال عملکرد مشابه 10 سال پیش در مذاکرات هسته‌ای را موجب طلبکارتر شدن دشمن توصیف کرده‌اند. این نکته نیز قابل ذکر است که حتی دستگاه‌هایی مانند صداوسیما و قوه قضائیه نیز که رئیس آنها مستقیما از سوی رهبر معظم انقلاب تعیین می‌شود، در معرض نقد و ارزیابی رسانه‌ها هستند.